PhyloForester
목차:
설치
사전 빌드된 바이너리 설치
Windows
macOS
Linux
소스에서 설치
사전 요구사항
단계
개발용 설치
외부 분석 소프트웨어 설치
TNT (절약법 분석)
IQTree (최대 우도법)
MrBayes (베이지안 추론)
설치 확인
PhyloForester 업데이트
바이너리 설치
소스 설치
제거
Windows (설치 프로그램)
Windows (휴대용) / macOS / Linux
다음 단계
사용자 가이드
시작하기
메인 창 개요
프로젝트 작업하기
프로젝트 만들기
프로젝트 속성 편집하기
프로젝트 삭제하기
데이터 행렬 작업하기
새 데이터 행렬 만들기
데이터 행렬 가져오기
데이터 행렬 편집하기
데이터 행렬 내보내기
분석 실행하기
분석 만들기
최대 간결성 분석 (TNT)
최대 우도법 (IQTree)
베이지안 분석 (MrBayes)
분석 중지하기
결과 보기
분석 출력
계통수 시각화
형질 매핑
고급 기능
일괄 작업
데이터베이스 관리
환경설정
키보드 단축키
팁과 모범 사례
프로젝트 구성하기
데이터 품질
분석 설정
파일 관리
다음 단계
분석 가이드
개요
분석 방법 선택하기
절약법 (Parsimony)
최대우도법 (Maximum Likelihood)
베이지안 추론 (Bayesian Inference)
절약법 작업 흐름
1단계: 데이터 준비
2단계: 절약법 분석 만들기
3단계: 분석 실행
4단계: 결과 검토
최대우도법 작업 흐름
1단계: 데이터 준비
2단계: 모델 선택
3단계: 최대우도법 분석 만들기
4단계: 분석 실행
5단계: 결과 해석
베이지안 작업 흐름
1단계: 데이터 준비
2단계: 사전 분포 설정
3단계: MCMC 설정
4단계: 분석 실행
5단계: 수렴 평가
6단계: 사후 분포 검토
형질 매핑
Fitch 절약법 매핑
매핑된 계통수 해석
분석 비교
위상 비교
지지도 값 비교
분석 문제 해결
분석이 시작되지 않음
분석이 즉시 실패함
분석이 계속 실행됨
낮은 지지도 값
모범 사례
데이터 준비
매개변수 선택
품질 관리
출판
다음 단계
문제 해결
설치 문제
애플리케이션이 시작되지 않음
Python 소스 설치 실패
데이터 관리 문제
데이터베이스를 열 수 없음
데이터베이스 손상
가져오기/내보내기 문제
파일을 가져올 수 없음
내보내기 실패
분석 문제
외부 소프트웨어를 찾을 수 없음
분석 시작 실패
분석이 실행되지만 결과가 없음
분석 시간이 너무 오래 걸림
UI 및 화면 표시 문제
창 레이아웃 손상
트리가 표시되지 않음
텍스트가 너무 작거나 큼
키보드 단축키가 작동하지 않음
데이터매트릭스 편집기 문제
셀을 편집할 수 없음
실행 취소/다시 실행이 작동하지 않음
복사/붙여넣기가 작동하지 않음
성능 문제
애플리케이션이 느림
트리 렌더링이 느림
오류 메시지
“Permission Denied”
“Out of Memory”
“Database Locked”
“Invalid Datamatrix”
버그 보고
도움 받기
다음 단계
개발자 가이드
아키텍처 개요
핵심 컴포넌트
개발 환경 설정
사전 요구사항
저장소 복제
가상 환경 생성
의존성 설치
소스에서 실행
코드 구조
데이터 저장소
데이터베이스 스키마
테스트 실행
모든 테스트 실행
특정 테스트 파일 실행
커버리지와 함께 실행
테스트 카테고리
코드 품질
린팅
코드 스타일
타입 힌트
기여하기
워크플로우
커밋 메시지
풀 리퀘스트 가이드라인
문서 빌드
실행 파일 빌드
빌드 스크립트
수동 PyInstaller
플랫폼별 참고사항
버전 관리
버전 업데이트
릴리스 프로세스
CI/CD 파이프라인
워크플로우
수동 릴리스
기능 추가
새로운 분석 유형 추가
새로운 가져오기 형식 추가
UI 확장
디버깅
로깅
PyQt 디버깅
데이터베이스 검사
리소스
연락처
다음 단계
변경 이력
[0.1.0] - 2025-11-03
추가
변경
수정
[Pre-0.1.0] - 개발 버전
미출시
버전 히스토리
참고
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