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PhyloForester 문서

PhyloForester 문서에 오신 것을 환영합니다!

PhyloForester는 PyQt5 기반의 계통발생 분석 데스크톱 애플리케이션입니다. 계통발생 프로젝트와 데이터 행렬을 관리하고, 다양한 계통수 재구성 분석(절약법, 최대우도법, 베이지안 추론)을 실행할 수 있는 그래픽 인터페이스를 제공합니다.

주요 기능

프로젝트 관리: 계층적 구조로 계통발생 분석을 구성합니다
데이터 행렬 편집기:
- 복사/붙여넣기를 지원하는 Excel 스타일 편집
- 실행 취소/다시 실행 기능 (Ctrl+Z/Y)
- 지우기 및 채우기 작업
- 드래그 앤 드롭으로 분류군과 형질 순서 변경
다양한 분석 유형:
- 절약법 분석: TNT (Tree analysis using New Technology)
- 최대우도법: IQTree
- 베이지안 추론: MrBayes
계통수 시각화:
- SVG 기반 계통수 렌더링
- 형질 상태 매핑
- 공유 파생 형질 시각화
- 조상 상태 복원 (Fitch 알고리즘)
데이터 가져오기/내보내기:
- Nexus 형식 지원
- Phylip 형식 지원
- TNT 형식 지원
- 계통수 파일 가져오기 (Newick, Nexus)
데이터베이스 저장: Peewee ORM을 사용한 SQLite 기반 데이터 영구 저장

릴리스 페이지 에서 최신 버전을 다운로드하세요.

Windows용:

설치 프로그램을 다운로드하여 실행하세요 (PhyloForester-Setup-vX.Y.Z.exe)

macOS용:

ZIP 파일을 다운로드하여 압축을 풀고 PhyloForester 를 실행하세요

Linux용:

tarball을 다운로드하여 압축을 풀고 ./PhyloForester 를 실행하세요

소스에서 설치:

git clone https://github.com/jikhanjung/PhyloForester.git
cd PhyloForester
pip install -r requirements.txt
python PhyloForester.py

새 프로젝트 만들기

“New Project”를 클릭하거나 Ctrl+N 을 눌러서 계통발생 연구를 위한 프로젝트를 만드세요.
데이터 행렬 만들기 또는 가져오기
- 새로 만들기: 프로젝트 우클릭 → “New Datamatrix”
- 가져오기: Nexus/Phylip/TNT 파일을 드래그 앤 드롭
데이터 행렬 편집
- 더블클릭하여 데이터 행렬 편집기를 여세요
- 분류군과 형질을 추가/제거하세요
- 형질 상태를 입력하세요 (0, 1, 2, ?, 등)
- Excel 스타일 편집을 사용하세요: Ctrl+C, Ctrl+V, Ctrl+Z
분석 설정
- 데이터 행렬 우클릭 → “New Analysis”
- 분석 유형을 선택하세요 (Parsimony/ML/Bayesian)
- 매개변수를 설정하세요 (탐색 설정, 모델 등)
분석 실행
- “Start Analysis” 버튼을 클릭하세요
- 실시간으로 진행 상황을 모니터링하세요
- Analysis 탭에서 결과를 확인하세요
결과 보기
- 계통수 위상을 살펴보세요
- 계통수에 형질 상태를 매핑하세요
- 결과를 내보내세요

키보드 단축키:

더 자세한 설명은 사용자 가이드 를 참조하세요.

언어: Python 3.9+
GUI 프레임워크: PyQt5
핵심 라이브러리:
- 데이터베이스 ORM: Peewee
- 수치/과학 계산: NumPy, Matplotlib
- 생물정보학: BioPython
- 계통수 재구성: TNT, IQTree, MrBayes (외부 프로그램)

최소 요구사항:

권장 사항:

외부 소프트웨어 (선택사항):