사용자 가이드
이 가이드는 PhyloForester를 사용한 계통학적 분석에 대한 포괄적인 개요를 제공해요.
시작하기
메인 창 개요
PhyloForester를 실행하면 다음이 표시돼요:
메뉴 바: File, Edit, View, Tools, Help 메뉴
도구 모음: 일반 작업에 빠르게 접근할 수 있어요
트리 뷰 (왼쪽): 프로젝트, 데이터 행렬, 분석의 계층적 뷰
콘텐츠 영역 (오른쪽): 선택한 항목의 표시 영역
상태 바 (하단): 현재 상태와 메시지
프로젝트 작업하기
프로젝트 만들기
프로젝트는 계통학적 연구를 구성해요.
프로젝트가 폴더 아이콘과 함께 트리 뷰에 나타나요.
프로젝트 속성 편집하기
프로젝트 삭제하기
프로젝트를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하세요
**Delete Project**를 선택하세요
삭제를 확인하세요
경고
프로젝트를 삭제하면 관련된 모든 데이터 행렬과 분석이 영구적으로 제거돼요.
데이터 행렬 작업하기
데이터 행렬은 형질 데이터(분류군 × 형질 행렬)를 포함해요.
새 데이터 행렬 만들기
프로젝트를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하세요
**New Datamatrix**를 선택하세요
다음을 입력하세요: - 데이터 행렬 이름 - 분류군 수 - 형질 수
**OK**를 클릭하세요
데이터 행렬 편집기가 자동으로 열려요.
데이터 행렬 가져오기
PhyloForester는 여러 파일 형식을 지원해요:
드래그 앤 드롭:
파일 관리자에서 파일을 드래그하세요
트리 뷰의 프로젝트에 드롭하세요
PhyloForester가 형식을 자동으로 감지해요
파일 메뉴:
프로젝트를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하세요
**Import Datamatrix**를 선택하세요
파일 형식을 선택하세요 (Nexus, Phylip, TNT)
파일을 선택하세요
**Open**을 클릭하세요
지원되는 형식:
Nexus (.nex, .nexus): 표준 계통학적 형식
Phylip (.phy, .phylip): 순차 또는 인터리브 형식
TNT (.tnt): TNT의 xread 형식
데이터 행렬 편집하기
트리 뷰에서 데이터 행렬을 더블 클릭하세요
데이터 행렬 편집기 대화상자가 열려요
편집기에는 세 가지 주요 영역이 있어요:
형질 목록 (왼쪽): 정의된 모든 형질
분류군 목록 (오른쪽): 연구에 포함된 모든 분류군
데이터 테이블 (중앙): 각 분류군의 형질 상태
분류군 추가하기:
입력 필드에 분류군 이름을 입력하세요
Add 버튼을 클릭하세요 (또는 Enter를 누르세요)
분류군이 목록과 테이블에 나타나요
형질 추가하기:
입력 필드에 형질 이름을 입력하세요
Add 버튼을 클릭하세요 (또는 Enter를 누르세요)
테이블에 새 열이 나타나요
셀 값 편집하기:
테이블의 셀을 클릭하세요
형질 상태를 입력하세요: -
0,1,2등 - 이산 상태 -?- 결측 데이터 --- 적용 불가 - 다중 상태: 공백으로 구분 (예:0 1)
Excel 스타일 편집:
복사: 셀 선택 →
Ctrl+C붙여넣기: 대상 선택 →
Ctrl+V지우기: 셀 선택 →
Delete채우기: 셀 선택 → 마우스 오른쪽 버튼 클릭 → Fill
실행 취소:
Ctrl+Z다시 실행:
Ctrl+Y
순서 변경하기:
분류군/형질을 선택하세요
↑ 또는 ↓ 버튼을 클릭하여 이동하세요
제거하기:
분류군/형질을 선택하세요
Remove 버튼을 클릭하세요
변경 사항 저장하기:
편집기에서 Save 버튼을 클릭하세요
또는 **OK**를 클릭하여 저장하고 닫으세요
데이터 행렬 내보내기
분석 실행하기
PhyloForester는 세 가지 유형의 계통학적 분석을 지원해요.
분석 만들기
최대 간결성 분석 (TNT)
매개변수:
Number of replicates: 구성할 Wagner 계통수
Hold: 메모리에 유지할 최대 계통수
TBR: 계통수 이분-재연결
Mult: 무작위 추가 시퀀스 수
일반 설정:
빠른 분석: 10 replicates, Hold 100
표준: 100 replicates, Hold 1000
철저한 분석: 1000 replicates, Hold 10000
실행하기:
매개변수를 구성하세요
**Start Analysis**를 클릭하세요
진행 상황을 모니터링하세요 (백분율 표시)
분석 완료 → 합의 계통수 생성됨
최대 우도법 (IQTree)
매개변수:
Substitution model: 자동 감지 또는 지정 (GTR, JC, K2P 등)
Bootstrap replicates: 0 (없음), 1000 (표준), 또는 그 이상
Search algorithm: 표준 또는 빠른 방법
실행하기:
매개변수를 구성하세요
**Start Analysis**를 클릭하세요
IQTree가 모델을 테스트해요 (자동 감지인 경우)
계통수 검색이 시작돼요
부트스트랩 분석 (지정된 경우)
최적 계통수가 저장돼요
베이지안 분석 (MrBayes)
매개변수:
Generations: MCMC 체인 길이 (일반적으로 1M - 10M)
Sample frequency: N 세대마다 계통수 저장
Burnin: 폐기할 비율 (0.25 = 25%)
Priors: 모델 매개변수
실행하기:
매개변수를 구성하세요
**Start Analysis**를 클릭하세요
MCMC 체인 실행 (몇 시간/며칠 소요될 수 있어요)
수렴 진단이 표시돼요
합의 계통수가 생성돼요
분석 중지하기
분석이 실행 중인 경우:
Stop Analysis 버튼을 클릭하세요
부분 결과가 저장돼요
상태가 “Stopped”로 변경돼요
결과 보기
분석 출력
트리 뷰에서 분석을 더블 클릭하세요
분석 뷰어가 다음 탭과 함께 열려요: - Info: 분석 매개변수 및 상태 - Log: 소프트웨어의 실시간 출력 - Trees: 발견된 계통수
계통수 시각화
Trees 탭에서:
Tree List: 분석의 모든 계통수
Tree View: 선택한 계통수의 SVG 렌더링
컨트롤: - 확대/축소 - SVG/PNG로 내보내기 - 형질 매핑
형질 매핑
형질 진화를 시각화하려면:
계통수가 있는 분석을 여세요
계통수를 선택하세요
**Map Characters**를 클릭하세요
매핑할 형질을 선택하세요
형질 상태가 가지에 나타나요
시각화는 다음을 보여줘요:
노드: 조상 상태 (재구성됨)
가지: 상태 변화 (공유파생형질)
말단 노드: 관찰된 상태
고급 기능
일괄 작업
데이터 행렬 복사:
분석 복제:
분석을 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하세요
**Duplicate**를 선택하세요
매개변수를 수정하세요
비교 연구를 실행하세요
데이터베이스 관리
위치:
Windows:
C:\\Users\\<username>\\PaleoBytes\\PhyloForestermacOS/Linux:
~/PaleoBytes/PhyloForester
백업:
PhyloForester를 닫으세요
``PhyloForester.db``를 안전한 위치에 복사하세요
파일을 교체하여 복원하세요
다른 데이터베이스 열기:
File → Open Database
.db파일을 선택하세요데이터베이스가 로드돼요 (이전 데이터베이스는 닫힘)
환경설정
**Edit → Preferences**에서 다음을 설정할 수 있어요:
외부 소프트웨어 경로 (TNT, IQTree, MrBayes)
분석의 기본 매개변수
UI 환경설정
키보드 단축키
일반:
Ctrl+N- 새 프로젝트Ctrl+O- 데이터베이스 열기Ctrl+S- 변경 사항 저장Ctrl+W- 창 닫기Ctrl+Q- 애플리케이션 종료
편집:
Ctrl+Z- 실행 취소Ctrl+Y- 다시 실행Ctrl+C- 복사Ctrl+V- 붙여넣기Ctrl+X- 잘라내기Delete- 삭제/지우기
탐색:
Ctrl+Tab- 다음 탭Ctrl+Shift+Tab- 이전 탭F5- 새로고침
팁과 모범 사례
프로젝트 구성하기
설명적인 프로젝트 이름을 사용하세요 (예: “Mammal_Phylogeny_2024”)
관련 분석을 동일한 프로젝트에 그룹화하세요
다른 연구는 별도의 프로젝트로 유지하세요
데이터 품질
분석 전에 결측 데이터(
?)를 확인하세요형질 코딩 일관성을 확인하세요
논리적으로 불가능한 상태에는 적용 불가(
-)를 사용하세요
분석 설정
초기 탐색을 위해 빠른 설정으로 시작하세요
출판 수준의 결과를 위해 철저한 설정을 사용하세요
베이지안 분석에서는 항상 수렴을 확인하세요
파일 관리
정기적으로 데이터베이스를 백업하세요
중요한 데이터 행렬을 여러 형식으로 내보내세요
원본 데이터 파일을 별도로 보관하세요