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설치

PhyloForester는 필요와 플랫폼에 따라 여러 가지 방법으로 설치할 수 있어요.

사전 빌드된 바이너리 설치

PhyloForester를 설치하는 가장 쉬운 방법은 GitHub 릴리스 페이지에서 사전 빌드된 바이너리를 다운로드하는 것이에요.

Windows

릴리스 페이지 로 이동하세요
최신 PhyloForester-Setup-vX.Y.Z.exe 설치 프로그램을 다운로드하세요
설치 프로그램을 실행하고 설치 마법사를 따라 진행하세요
시작 메뉴 또는 바탕화면 바로가기에서 PhyloForester를 실행하세요

휴대용 버전:

또는 ZIP 파일(PhyloForester-Windows-vX.Y.Z-buildN.zip)을 다운로드할 수도 있어요:

ZIP 파일을 원하는 폴더에 압축 해제하세요
압축 해제한 폴더에서 ``PhyloForester.exe``를 실행하세요
별도 설치가 필요 없으며 USB 드라이브에서 실행할 수 있어요

macOS

릴리스 페이지 로 이동하세요
최신 ``PhyloForester-macOS-vX.Y.Z-buildN.zip``을 다운로드하세요
ZIP 파일을 압축 해제하세요
``PhyloForester``를 응용 프로그램 폴더로 드래그하세요 (선택 사항)
더블클릭하여 실행하세요

참고: 처음 실행 시 Gatekeeper를 우회하기 위해 마우스 오른쪽 버튼 클릭 → 열기를 선택해야 할 수 있어요.

Linux

릴리스 페이지 로 이동하세요
최신 ``PhyloForester-Linux-vX.Y.Z-buildN.tar.gz``를 다운로드하세요

압축 파일을 해제하세요:

tar -xzf PhyloForester-Linux-vX.Y.Z-buildN.tar.gz
cd PhyloForester

애플리케이션을 실행하세요:
```
./PhyloForester
```

시스템 의존성:

일부 Linux 배포판에서는 Qt5 라이브러리를 설치해야 할 수 있어요:

# Ubuntu/Debian
sudo apt-get install libqt5gui5 libqt5core5a libqt5widgets5

# Fedora/RHEL
sudo dnf install qt5-qtbase qt5-qtbase-gui

소스에서 설치

사전 요구사항

Python 3.9 이상
pip (Python 패키지 매니저)
Git (선택 사항, 저장소 복제용)

단계

저장소 복제 또는 다운로드
```
git clone https://github.com/jikhanjung/PhyloForester.git
cd PhyloForester
```
또는 GitHub에서 ZIP 파일을 다운로드하고 압축을 해제하세요.

가상 환경 생성 (권장)

# Windows
python -m venv venv
venv\\Scripts\\activate

# macOS/Linux
python3 -m venv venv
source venv/bin/activate

의존성 설치
```
pip install -r requirements.txt
```
PhyloForester 실행
```
python PhyloForester.py
```

개발용 설치

개발을 위해서는 추가 의존성을 설치하세요:

pip install -r requirements-ci.txt

여기에는 테스트 도구(pytest, pytest-qt)와 코드 품질 도구(ruff)가 포함되어 있어요.

외부 분석 소프트웨어 설치

PhyloForester는 분석을 위해 외부 계통발생 소프트웨어와 통합되어요. 이들은 선택 사항이지만 각 분석 유형에는 필수예요.

TNT (절약법 분석)

http://www.lillo.org.ar/phylogeny/tnt/ 에서 TNT를 다운로드하세요
실행 파일을 압축 해제하세요
PhyloForester에서 **편집 → 환경설정**으로 이동하세요
TNT 실행 파일의 경로를 설정하세요

IQTree (최대 우도법)

http://www.iqtree.org/ 에서 IQTree를 다운로드하세요
실행 파일을 압축 해제하세요
PhyloForester에서 **편집 → 환경설정**으로 이동하세요
IQTree 실행 파일의 경로를 설정하세요

MrBayes (베이지안 추론)

https://nbisweden.github.io/MrBayes/ 에서 MrBayes를 다운로드하세요
플랫폼별 지침에 따라 설치하세요
PhyloForester에서 **편집 → 환경설정**으로 이동하세요
MrBayes 실행 파일의 경로를 설정하세요

설치 확인

PhyloForester가 올바르게 설치되었는지 확인하려면:

애플리케이션을 실행하세요
빈 프로젝트 트리가 있는 메인 창이 나타나야 해요
**도움말 → 정보**를 확인하여 버전 번호를 확인하세요
새 프로젝트 생성을 시도해보세요 (Ctrl+N)

문제가 발생하면 문제 해결 가이드를 참조하세요.

PhyloForester 업데이트

바이너리 설치

릴리스 페이지에서 최신 버전을 다운로드하세요
기존 설치에 덮어쓰기 설치하세요 (Windows 설치 프로그램)
또는 이전 파일을 새 파일로 교체하세요 (휴대용/macOS/Linux)

데이터는 별도의 데이터베이스 위치에 저장되므로 영향을 받지 않아요:

Windows: C:\\Users\\<username>\\PaleoBytes\\PhyloForester\\PhyloForester.db
macOS/Linux: ~/PaleoBytes/PhyloForester/PhyloForester.db

소스 설치

cd PhyloForester
git pull origin main
pip install -r requirements.txt --upgrade

제거

Windows (설치 프로그램)

**설정 → 앱 → 설치된 앱**으로 이동하세요
“PhyloForester”를 찾으세요
**제거**를 클릭하세요

Windows (휴대용) / macOS / Linux

PhyloForester 폴더를 삭제하면 되요.

사용자 데이터 제거:

모든 PhyloForester 데이터를 완전히 제거하려면:

Windows: C:\\Users\\<username>\\PaleoBytes 삭제
macOS/Linux: ~/PaleoBytes 삭제

이렇게 하면 모든 프로젝트, 데이터 행렬, 분석이 제거되요.

다음 단계

설치 후 사용자 가이드 를 참조하여 첫 번째 계통발생 분석을 시작하세요.